Geeniuudised

Wisconsini Ülikooli uurimisrühm tegi kindlaks bakteri E. coli geenide järjestuse See on saavutus, mis tulevikus võib päästa paljude inimeste elu. See peaks võimaldama luua vaktsiinid mitmesuguste loomahaiguste vastu, mis kanduvad edasi inimestele ja võivad põhjustada kõhulahtisust ning kahjustada neeru talitust. Uurimust kirjeldava artikli autorid Fred Blattner ja Nicole Perna, kes olid eelnevalt järjestanud kahjutu E. coli geenide järjekorra, olid üllatunud, kui selgus, et kahjuliku variandi DNA (sisaldab 5400 geeni) oli veerandi võrra pikem ning sisaldas fragmente mitmetest teadaolevatest viirustest ja bakteritest.

Ðveitsi firma Syngenta, mis moodustus firmade Novartis ja Astra-Zeneca biopõllumajandusega tegelevate tütarettevõtete ühendamisel ning Myriad Genetics (USA) tegid kindlaks riisi 99,5 % geenide järjestuse. Firma kavatseb müüa andmebaasi kasutusõigust mitmetele seemnetootjatele ja biopõllumajandusega tegelevatele ettevõtetele. Samuti lubatakse teatud tingimustel akadeemilistele organisatsioonidele tasuta juurdepääs andmetele. Riis on peamine toiduaine suurele osale maailma elanikest ning seetõttu on selle omaduste parandamine oluline. Samuti loodetakse, et riis, mis on esimene teravili, mille geenide järjestus on nüüd teada, võiks olla mudeliks nisu ja maisi uurimisel. Riisi genoom (12 kromosoomi ja umbes 50 000 geeni) sisaldab 430 miljonit aluspaari võrreldes näiteks esimese järjestatud taime T.Arabidopsis genoomi 125 miljoni aluspaariga. Praegu veel riisi genoomile patenti pole, kuid tulevikus kavatsevad firmad seda taotleda. Kogu töö võttis aega 14 kuud.

Greenpeace väljendas arvamust, et tehnoloogilised avastused ei lahenda vaeste toiduprobleeme. Kagu-Aasia kampaania direktor Von Hernandez leiab, et järjekordne avastus kinnitab kartusi, mille kohaselt geneetiline ressurss ja hilisem toiduainete tootmine allutatakse üha enam korporatsioonide kontrollile.

Samas loodavad ÜRO toidu- ja põllumajandusorganisatsiooni ametnikud, et avastus leevendab maailma näljahäda. Loodetakse, et järgnevalt suudetakse suurendada riisi tootmist ja toiteväärtust, mis peaks muutma riisi kättesaadavamaks. ÜRO eesmärgiks on vähendada aastaks 2015 alatoitumise all kannatavate inimeste hulka poole võrra.

Eelpoolmainitud USA firma Myriad Genetics on jõudnud ka eesnäärmevähi ravimi töönimetusega MPC-7869 kliiniliste katsetuste II järku, kus ravimit kasutavad eesnäärmevähiga patsiendid. Kuna ravimite väljatöötamine ja katsetamine nõuab väga palju aega, siis pole enne kolme kuni viit aastat uut ravimit oodata.

II
Geeniuudised

Juhtivad teadusajakirjad Science ja Nature avaldasid üheaegselt vastavalt Celera Genomics'i ja Inimese Genoomi Projekti artiklid inimese genoomi sekveneerimise (järjestamine) kohta. Trükitud kujul ilmusid artiklid vastavalt 16. ja 15. veebruaril. Samas on kõnealune materjal kõigile soovijatele tasuta loetav ka ajakirjade võrguaadressidel. Peamiseks uudiseks peetakse fakti, et inimese genoom sisaldab seni arvatust oluliselt vähem geene.

Oodatust väiksem geenide arv oli paljudele üllatuseks, kuid firmad, mis tegelevad võrdleva genoomika lahenduste pakkumisega olid õnnelikud, sest see teeb nende ülesande loodetavasti lihtsamaks. Eeldatavasti tähendab väiksem arv geene, et igaühel neist on olulisem funktsioon, kui võis eelnevalt arvata. Samuti peaks erinevate organismide geenide suures osas kattumine tõstma võrdleva genoomika tähtsust inimese genoomi uurimisel. Teadlaste arvates ei anna geenide väiksem hulk siiski alust pidada inimese genoomi senisest lihtsamaks. Eeskätt võib eeldada, et väiksem arv geene on omavahel tihedamalt seotud, mis teeb genoomi uurimise ehk keerukamakski. Samuti ei tohiks järeldada, et geenid, mis on erinevatel organismidel ühised funktsioneerivad identselt.

Inimese genoomi sekveneerimise käigus on sageli küsitud: Kelle genoom see on? Vastuseks tuleks öelda, et tegelikult pole sellel tähtsust. Celera artikkel 16.veebruari ajakirjas Science kinnitab veelkord, et inimeste DNA on 99,9 protsenti ulatuses identne. Celera avaldatud genoomi kirjeldus põhineb viie doonori genoomidel, mis valiti 21 etniliselt erineva vabatahtliku hulgast. Konfidentsiaalsuse tagamise eesmärgil pole kõnealuste isikute andmed Celeral teada.

Celera teatel kasutas nende koduleheküljel olevat inimese genoomi veebilehte esimese viie päeva jooksul enam kui 3000 uut nn akadeemilist kasutajat. Akadeemilised kasutajad peavad end regisreerima ja nõustuma detailse reeglistikuga, mis lubab kasutada andmeid ainult akadeemilistel eesmärkidel. Seejärel võivad nad alla laadida ühe väikse osa järjestusest, mis paljude kasutajate arvates kitsendab oluliselt andmete kasutamist. Juhul kui soovitakse enamat, peab kontakteeruma Celeraga.

Kasutatud SA Geenikeskuse materjale, www.genomics.ee